Yemek borusu kanserinin teşhisi endoskopi ile yemek borusunun içinin görülmesi ve hastalıklı bölgeden yapılan biyopsilerin patolojik olarak incelenmesi ile konulmaktadır.

Tümörün yemek borusu duvarında ne kadar ilerlediğini belirleyebilmek için EUS denilen endoskopik ultrasonografi görüntüleme yöntemi kullanılır ve EUS yemek borusu kanserinin hangi evrede olduğunun tespitinde önemli bilgiler vermektedir.

Ayrıca tedavi veya yemek borusu kanseri ameliyatı olacak her hastanın Bilgisayarlı Tomografi (BT) ve Pet BT tetkiki yaptırması gerektirmektedir. Bu tetkiklerle hem tümörün yemek borusu içerisindeki lokalizasyonu hem de lenf bezlerine ve uzak bölgelere sıçrayıp sıçramadığı tespit edilmiş olur.

Özofagus kanserinin kesin evresi ancak ameliyattan sonra patoloji raporuna göre konulabilir.